Конструкция Че-2 — металлическая. Полотно применялось лишь для обшивки рулей и элеронов. Обшивочные листы корпуса в основном тонкие. Клепка потайная. Экипаж три-четыре человека, вооружение: три пулемета ШКАС в двух стрелковых установках, до 12 различных бомб общей массой до 1000 кг. Опытный образец летающей лодки в 1937 году успешно прошел испытания и вскоре машина поступила в серийное производство. Большинство самолетов Че-2 выпускалось с двигателями М-63 мощностью по 1100 л. с. Машина, несмотря на большие размеры, была достаточно легкой. Вес пустого Че-2 не превышал 4100 кг, взлетный — 6700 кг. В перегрузочном варианте летающая лодка весила 7200 кг. Благодаря своим аэродинамическим формам самолет обладал хорошими летными и мореходными данными. Его максимальная скорость достигала 360 км/час, потолок — 9 тыс. м.

Для повышения летных качеств самолета МДР-6, чтобы летающая лодка могла более или менее равняться с серийным бомбардировщиком типа ДБ-3, решено было выпустить модификации обозначавшиеся «А», а затем «Б» с номерами от 1 до 5 за 1940–1946 гг. «А» (1940 г.) и «Б» (1941 г.) — два опытных экземпляра, почти подобные, но с резкими отличиями от серийного типа «Н». На модификации «А» стояли двигатели М-105 рядного типа. Поплавки были специальной формы, чтобы они могли уместиться между лонжеронами крыла, в виде ящиков на жестких коробчатых стойках с управлением от электросистемы с червячной передачей. Проектирование самолета «А» было начато осенью 1939 г. Он был выпущен в 1940 г., в 1940–1941 гг. прошел заводские испытания, но потерпел аварию около Углича, при перелете на место проведения госиспытаний.