Сохранив отличные пилотажные свойства СУ-25, конструкторы "восьмерки" (заводской шифр самолета — Т8) пошли еще дальше. Его система автоматического управления серьезно понижает загрузку летчика, автоматизируя стабилизацию заданной высоты, полет по запрограммированному маршруту через за данные промежуточные точки выход в район обнаружения цели, повторный заход на атакуемую цель, заход на посадку. Комплекс РЭБ обеспечивает СУ-39 высокую вероятность преодоления мощной ПВО противника. Основной информационной системой комплекса является станция радиотехнической разведки (СРТР), обеспечивающая обнаружение и пеленгацию наземных, бортовых и корабельных РЛС в секторе +30° по углу места и круговую по азимуту. Для преодоления полосы ПВО СУ-25Т может использовать станцию постановки активных помех, предназначенную для противодействия современным и перспективным радиоэлектронным системам управления оружием с импульсным, непрерывным и квазинепрерывным излучением. Станция устанавливается в контейнерах, подвешиваемых на внешних подкрыльевых точках подвески. Для защиты от ракет с ИК ГСН конструкторы СУ-39 установили в хвостовой части самолета, в основании киля, станцию оптико-электронных помех. Главное вооружение СУ-39 — противотанковые управляемые ракеты (ПТУР) "Вихрь". Самолет может нести 16 таких ракет, устанавливаемых в двух блоках-связках, по восемь в каждой. Использование РЛС позволило обеспечить на самолете применение противокорабельных ракет Х-31А, Х-35 с активными радиолокационными головками самонаведения. Каждый модернизированный ударный самолет может нести четыре противокорабельные ракеты. Самолеты оснащенны РЛПК "Копье".

СУ-39 значительно превосходит по своим возможностям серийный СУ-25. Группа самолетов СУ-39, часть из которых вооружена ракетами класса "воздух-воздух" средней дальности, может успешно противостоять во встречном ракетном бою любым современным истребителям, в особенности если используются новые ракеты РВЕ-ДЕ, не требующие сопровождения для подсвета воздушной цели после пуска. Это может обеспечить решающее преимущество в дуэльной ситуации.