Новую форму козырька кабины пилота сохранили, а вот фонарь кабины штурмана сделали опять по типу Як-28И и Як-28Л. В фюзеляже "ПП" разместили комплекс средств РЭБ (станции "Букет", "Стрела", "Фасоль-1", "Сирень"), а также доплеровский измеритель путевой скорости и угла сноса ДИСС-ЗА "Стрела" с доработанным под него навигационно-вычислительным устройством НВУ-ВИ2. На балочных подкрыльевых держателях подвешивались два блока УБ-16-57УМ с 57-мм НАР С-5П (ПАРС-57), которые предназначались для создания пассивных помех РЛС противника.

К пассивным средствам РЭБ относилось и устройство "Автомат-2И" (КДС-19) с двумя балками, устанавливаемыми в нижней части мотогондол. Устройство предназначалось для создания помех путем сброса дипольных отражателей из металлизированного стекловолокна. Их сброс мог производиться как нажатием кнопок отстрела, так и автоматически от сигнала станции предупреждения "Сирена-3". В систему защиты самолета входило также устройство АСО-2И, которое отстреливало спецпатроны, создававшие помехи ракетам с тепловыми головками. Емкость топливной системы в шести внутрифюзеляжных баках составляла 5480 л, суммарная емкость двух подвесных баков — 2100 л.

Заводские испытания постановщика помех проводили летчик А.Л.Колосов, штурман Н.В.Долженков и ведущий инженер В.А.Бабаян. Совместные госиспытания постановщика помех закончились в 1970 г. Легкий сверхзвуковой тактический постановщик помех был очень нужен ВВС, так как до него эту роль выполняли более тяжелые самолеты, такие как Ту-16. Як-28ПП эксплуатировался в частях фронтовой авиации очень долго и был последним из этого семейства Яков, снятым с вооружения. Его заменил более современный Су-24МП, кроме того, помеховые станции СПС стали устанавливаться в различных вариантах (в том числе и в подвесных контейнерах) практически на всех ударных самолетах тактической авиации.