Уже в 1941 г. заводы выпустили почти 200 машин этого типа под литерами Пе-Збис. Большинство из них было передано частям, принимавшим активное участие в разгроме немецко-фашистских войск под Москвой. Создание и организация массового производства самолетов Пе-З в истребительном и разведывательном вариантах были проведены в кратчайшее время. Коллектив конструкторского бюро умело использовал идеи, заложенные при первом проектировании Пе-2, как многоцелевого самолета.

Самолеты Пе-З-бис выпускались в основном с двигателями ВК-105Р мощностью по 1100 л. с. Их вооружение состояло из двух пушек ШВАК калибром 20 мм, трех крупнокалиберных пулеметов (БС) и двух скорострельных пулеметов (ШКАС). Самолет Пе-З с двигателями ВК-107А мощностью по 1650 л. с. на высоте 5700 м развивал скорость до 657 км/час. Заводы выпустили около 11,5 тыс. самолетов Пе-2 и его вариантов.